هي الجهاز التنفيذي للمفوضية، ويُناط به مسؤولية التحضير والتجهيز وتنفيذ العملية الانتخابية. وتضم الإدارة العامة عدداً من الإدارات والمكاتب والتقسيمات الإدارية الأخرى التي يحددها التنظيم الداخلي للمفوضية، ويكلف مجلس المفوضية مديراً عاماً لها، ويتولى تنفيذ السياسات والخطط والبرامج التي يقرها مجلس المفوضية، ويمارس اختصاصاته وفقاً للتشريعات النافذة. ويتبع المدير العام (مكتب أمانة سر) يتولى القيام بأعمال الطباعة وتصوير المستندات وأعمال الحفظ والتوثيق والأرشيف وإعداد المراسلات وترقيم القرارات وتعميمها وتنظيم الاجتماعات وصياغة المحاضر، ويمارس المدير العام اختصاصاته وفقاً للتشريعات النافذة وله على الأخص ما يلي:
- تنفيذ ومتابعة ما يصدر عن مجلس المفوضية، ووضع الآليات والخطط التنفيذية لسياسات المفوضية بالتنسيق مع الإدارات والمكاتب.
- تسمية وتكليف مدراء الإدارات والمكاتب ورؤساء التقسيمات الأخرى بالإدارة العامة، بالتشاور مع رئيس مجلس المفوضية.
- إصدار وتوقيع التكليفات والقرارات المتعلقة بالتوظيف والنقل والندب والترقية والإعارة والتأديب، وغيرها من القرارات المنظمة للشؤون الوظيفية.
- اعتماد محاضر لجنة شؤون المستخدمين ولجنة المشتريات، والمجلس التأديبي، وإصدار القرارات اللازمة بشأنها.
- تنظيم وتطوير برامج التدريب بالداخل، ومتابعتها وتقييمها.
- الإشراف على إعداد مشروع الميزانية التقديرية السنوية للمفوضية، في المواعيد المحددة لها، وعرضها على مجلس المفوضية للاعتماد.
- إعطاء الإذن بالصرف لتسيير العمل بالمفوضية، في حدود المخصصات المالية، وما يخول به من قبل مجلس المفوضية.
- توقيع العقود ومحاضر الاتفاق المحلية التي تكون المفوضية طرفاً فيها.
- الإشراف المباشر على الإدارات والمكاتب وكافة التقسيمات الإدارية بالمفوضية والدعوة لعقد الاجتماعات واللقاءات، وإصدار المنشورات والتعميمات المنظمة لسير العمل بالإدارة العامة ومكاتب الإدارة الانتخابية، ومتابعة سير العمل بها.
- إصدار قرارات تشكيل اللجان الفنية، وفرق العمل المؤقتة للقيام بالأعمال ذات الطبيعة الخاصة، واعتماد نتائج أعمالها.
- تحديث أساليب الإدارة، ونظم التوثيق وقواعد البيانات، واستخدام المنظومات الالكترونية، والذكية في أعمال الإدارة.
- التواصل مع الجهات الحكومية والمدنية فيما يتعلق بطبيعة ونشاط المفوضية.
- رفع التقارير الدورية، والخاصة بسير العملية الانتخابية إلى مجلس المفوضية.
- القيام بما يكلفه به مجلس المفوضية من مهام واختصاصات.